خیلی سادست. توی فرمت pdflatex از قلم cmr یا همون Computer Modern Roman استفاده میشه اما توی فرمت xelatex از قلم lmr یا همون Latin Modern Roman. از اونجایی که قلمها متفاوته پس طبیعی که پهنای کاراکتر A در فرمت pdflatex و xelatex متفاوت باشه. اگر از یک قلم در هر دو فرمت استفاده کنی، نتیجه یکی است.
\documentclass{article}
\begin{document}
\newfont{\testfont}{cmr10}
\setbox0\hbox{\testfont A}
\showthe\wd0
\end{document}