سلام. قاعدتا باید در هر پرسش یک سوال بپرسید. لطفا این مورد را در پرسش های آتی رعایت کنید.
برای حل مشکل ترتیب شماره ها دستورات مربوطه را باید به صورت های زیر اصلاح کنید:
\def\thesection{\mbox{\arabic{chapter}.\arabic{section}}}
\def\theequation{\mbox{\arabic{chapter}.\arabic{equation}}}
\def\thefigure{\mbox{\arabic{chapter}.\arabic{figure}}}
\def\thetable{\mbox{\arabic{chapter}.\arabic{table}}}
برای شماره خوردن subsection ها دستور زیر را قبل از \begin{document} قرار دهید.
\setcounter{tocdepth}{3}
برای حل مشکل بزرگ بودن کلمه مراجع دستور زیر را پیدا کنید
\renewcommand{\bibname}{\Large مراجع}
و آن را به صورت زیر تغییر دهید:
\renewcommand{\bibname}{\normalsize مراجع}
ضمنا در ابتدای فایل موارد غیر عادی وجود دارد که باید آنها را اصلاح کنید تا فایل به درستی اجرا گردد. مثلا چند بار از عبارت \pagenumbering{empty} استفاده کرده اید که باید آنها را حذف کنید. و همچنین در جایی که هیچ خطی وجود ندارد از \\ استفاده کرده اید.
با این تغییرات خروجی مطلوب به دست می آید.
موفق باشید.
