شما همزمان از بسته‌های sectsty و titlesec استفاده کرده‌اید و ترتیب فراخوانی آنها اهمیت دارد. چنانچه ابتدا بسته sectsty و سپس بسته titlesec و دستورات مربوط به کاهش فاصله‌ها را بیاورید مشکل حل می‌شود. بنابراین کد مربوط به فراخوانی این بسته‌ها را به شکل زیر تغییر دهید:
\usepackage{sectsty}
\chapterfont{\Mitra}
\sectionfont{\Zar \fontsize{14}{15} \selectfont}
\subsectionfont{\Zar \fontsize{13}{14} \selectfont}
\subsubsectionfont{\Zar \fontsize{12}{13} \selectfont}
\paragraphfont{\Zar \fontsize{11}{12} \selectfont}
% for numbering subsubsections
\setcounter{secnumdepth}{4}
%to include subsubsections in the table of contents
\setcounter{tocdepth}{3}
\usepackage{titlesec}
\titlespacing*{\section}{0pt}{15pt}{10pt}%{left spacing}{before spacing}{after spacing}[right]
\titlespacing*{\subsection}{0pt}{15pt}{10pt}
\titlespacing*{\subsubsection}{0pt}{15pt}{10pt}
اعداد 15 و 10 را که به ترتیب فاصله قبل و بعد از بخش (یا زیربخش) هستند به دلخواه تغییر دهید.
نکته: مقادیر پیش‌فرض فواصل تغییریافته به شرح زیر است:
%Default Values
%\titlespacing*{\section} {0pt}{3.5ex plus 1ex minus .2ex}{2.3ex plus .2ex}
%\titlespacing*{\subsection} {0pt}{3.25ex plus 1ex minus .2ex}{1.5ex plus .2ex}
%\titlespacing*{\subsubsection}{0pt}{3.25ex plus 1ex minus .2ex}{1.5ex plus .2ex}
