سلام
فایل شما را با کمی تغییر اجرا گرفتم و مشلی نداشت.
خروجی زیر را نیز از تعدادی از مراجع شما دریافت کردم.
حدس من این است که توی مراحل اجرای آن خطایی انجام می‌دهید.
توصیه میکنم این آدرس و همچنین این آدرس و نیز اینجا و نیز اینجا را حتما ببینید.
از ساختار زیر برای تغییر نام کتاب‌نامه به مراجع کمک گرفته‌ام:
\renewcommand\bibname{\textbf{مراجع}}
دستورات شما مطابق زیر است:
\documentclass[12pt,a4paper]{report}
\usepackage{xcolor,colortbl}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{fixltx2e}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathtools}
\usepackage{MnSymbol}
%\usepackage{hyperref}
\usepackage{caption}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{float}
\usepackage{ulem}
\usepackage{multirow}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage[inline]{enumitem}
\usepackage{multicol}
\usepackage[numbers,sort&compress]{natbib}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage{graphicx}
% بسته و دستوراتی برای ایجاد لینک‌های رنگی با امکان جهش
\usepackage[pagebackref=true,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\setcounter{secnumdepth}{3}
\setcounter{tocdepth}{3}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\makeatletter
\bidi@patchcmd{\@harfi}{آ}{الف}
{\typeout{Succeeded in changing `آ` into `الف`}}
{\typeout{Failed in changing `آ` into `الف`}}
\makeatother
\defpersianfont\traffic[Scale=1]{XB Niloofar}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\newcommand{\bR}{\mathbb{R}}
\newcommand{\cB}{\mathcal{B}}
\newcommand{\cO}{\mathcal{O}}
\newcommand{\cG}{\mathcal{G}}
\newcommand{\rM}{\mathrm{M}}
\newcommand{\rC}{\mathrm{C}}
\newcommand{\rV}{\mathrm{V}}
\newcommand{\ls}{\mathrm{LSC}_{+}(X)}
\newcommand{\ce}{\mathrm{C}^{*}(X)}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تغییر نام کلمه «اثبات» به «برهان»
\renewcommand\proofname{\textbf{برهان}}
\renewcommand\bibname{\textbf{مراجع}}
\begin{document}
برای هدایت و کنترل در امر هوانوردی و فضا نوردی و نیز هدایت موشک ها و کشتی ها و زیر دریایی ها بکار می روند .عموما در این سامانه ها لازم است که یک جزء بعنوان مثال یک بشقاب آنتن ، آینه یا دوربین با وجود حرکت بدنه سامانه به یک سمت ثابت و یا یک سمت مشخص اشاره کند . برای این کار حسگر ردیاب بر روی یک صفحه خاص تحت عنوان صفحه پایدار قرار میگیرد .این صفحه نسبت به حرکات بدنه سامانه می تواند با یک یا دو درجه آزادی در دو جهت محور ارتفاع
\LTRfootnote{Pitch}
و سمت
\LTRfootnote{Yaw}
حرکت کند که این امر توسط یک سیستم قاب بندی خاص به نام گیمبال انجام می گردد .
\cite{article11,article12,article13,article14,article15}
\cite{ghaeminezhad2014stabilizing}
\cite{mastersthesis1}
\newpage
\bibliographystyle{plain-fa}
\bibliography{Mybib}
\end{document}
موفق باشید.
