سلام
چون تو محیط فارسی قرار دارید راست‌چین هست ترتیب شما و این هم طبیعی است. مراجع شما لاتین هستند و اگر توجه کنید این ترتیب در ظاهر شدن خود مراجع ایرادی ندارند. با این توضیحات کد شما به صورت زیر است:
% !TEX TS-program = XeLaTeX
\documentclass[12pt,a4paper]{report}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{xcolor,colortbl}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{fixltx2e}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathtools}
\usepackage{MnSymbol}
%\usepackage{hyperref}
\usepackage{caption}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{float}
\usepackage{ulem}
\usepackage{multirow}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage[inline]{enumitem}
\usepackage{multicol}
\usepackage{backref}
\usepackage{natbib}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%در ورژن جدید زی‌پرشین برای تایپ متن‌های ریاضی، این سه بسته، حتماً باید فراخوانی شود
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
%بسته‌ای برای تنطیم حاشیه‌های بالا، پایین، چپ و راست صفحه
%\usepackage[top=50mm, bottom=50mm, left=50mm, right=50mm]{geometry}
\usepackage{graphicx}
% بسته و دستوراتی برای ایجاد لینک‌های رنگی با امکان جهش
\usepackage[pagebackref=true,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\setcounter{secnumdepth}{3}
\setcounter{tocdepth}{3}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% فراخوانی بسته زی‌پرشین و دستورات مربوط به نوع فونت‌ها
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\makeatletter
\bidi@patchcmd{\@harfi}{آ}{الف}
{\typeout{Succeeded in changing `آ` into `الف`}}
{\typeout{Failed in changing `آ` into `الف`}}
\makeatother
\defpersianfont\titr[Scale=1]{XB Titre}
\defpersianfont\traffic[Scale=1]{XB Niloofar}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\newcommand{\bR}{\mathbb{R}}
\newcommand{\cB}{\mathcal{B}}
\newcommand{\cO}{\mathcal{O}}
\newcommand{\cG}{\mathcal{G}}
\newcommand{\rM}{\mathrm{M}}
\newcommand{\rC}{\mathrm{C}}
\newcommand{\rV}{\mathrm{V}}
\newcommand{\ls}{\mathrm{LSC}_{+}(X)}
\newcommand{\ce}{\mathrm{C}^{*}(X)}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تغییر نام کلمه «اثبات» به «برهان»
\renewcommand\proofname{\textbf{برهان}}
\renewcommand\bibname{\textbf{مراجع}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
در مرجع
\lr{\citep{zhang2012fractional}}
از روش مد لغزشی ترمینال سریع برای افزایش سرعت همگرایی حالت ها به نقطه تعادل استفاده شده است. در این مقاله نشان داده شده است که برای رساندن حالت های سیستم در زمان محدود به نقطه تعادل خود و همچنین تضمین غیر تکین بودن سیگنال کنترلی از روش مد لغزشی ترمینال سریع می توان استفاده کرد. در این مقاله همچنین از کنترل مد لغزشی مرتبه اول و تقریب پیوسته این روش برای طراحی قانون هدایت استفاده شده است.
مرجع
\lr{\citep{6639960}}
از کنترل مد لغزشی مرتبه کسری برای کنترل یک سیستم غیر خطی استفاده کرده است که برای افزایش عملکرد و دقت کنترل کننده از سطح لغزش مرتبه کسری استفاده شده است. در این مقاله الگوریتم جدیدی در حوزه مد لغزشی مرتبه بالا ارائه شده است که پایداری دسته ای از سیستم های غیر خطی و نامعین را تضمین می کند. اثبات پایداری در این الگوریتم در حضور نامعینی بصورت تحلیلی و به روش لیاپانوف صورت گرفته است. این الگوریتم پیشنهادی برای طراحی قانون هدایت دو بعدی مورد استفاده قرار گرفته است.
\addcontentsline{toc}{chapter}{مراجع}
\newpage
\bibliographystyle{plainnat-fa}
\bibliography{Mybib}
\end{document}
خروجی شما با نسخه‌ی اولیه‌ی تکلایو 2018 به صورت زیر است:
موفق باشید.
