سلام
سطر و ستون‌های جدول شما به درستی تنظیم نشده بود. در برخی از سطرها تعداد سطر‌های وارد شده از تعداد واقعی سطرها بیشتر بود. ساختار جدولی که طراحی کرده بودید نیز با تصویر شما هم‌خوانی نداشت. برخی از بسته‌های سند شما را حذف و بسته‌ی array را نیز جهت تنظیم عناصر در وسط سلول‌های جدول اضافه کرده‌ام.
دستورات شما مطابق زیر است:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath,mathrsfs}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,positioning,shapes,fit,calc}
\pgfdeclarelayer{background}
\pgfsetlayers{background,main}
\usepackage[top=20mm, bottom=40mm, left=30mm, right=30mm]{geometry}
\usepackage{multirow,float}
\usepackage[makeroom]{cancel}
\usepackage{mathtools}
\usepackage[all]{xy}
\usepackage{blkarray}
\usepackage{color}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{graphicx}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%
%یوز پلیج ها را در این مکان فراخوانی کنید
%File ended while scanning use of \bidiGscale@box.
\usepackage{array}
\newcolumntype{P}[1]{>{\centering\arraybackslash}p{#1}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%\usepackage{lipsum}
\linespread{1.5}
\usepackage[logo=on]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Zar}
\setdigitfont[Scale=1.2]{XB Zar}
% Page border
%\usepackage{background}
%\usetikzlibrary{calc}
%\SetBgScale{1}
%\SetBgAngle{0}
%\SetBgColor{black}
%\SetBgOpacity{1}
%\SetBgContents{
%\begin{tikzpicture}[overlay,remember picture]
%\draw [line width=3pt]
% ($ (current page.north west) + (2.0cm,-2.0cm) $)
% rectangle
% ($ (current page.south east) + (-1.5cm,1.8cm) $);
%\draw [line width=1pt]
% ($ (current page.north west) + (2.15cm,-2.15cm) $)
% rectangle
% ($ (current page.south east) + (-1.65cm,1.95cm) $);
%\end{tikzpicture}
%}
\defpersianfont\nas[Scale=1.3]{IranNastaliq}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تعریف و نحوه ظاهر شدن عنوان قضیه‌ها، تعریف ها، مثال ها و ...
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[chapter]
\theoremstyle{theorem}
\newtheorem{theorem}[definition]{قضیه}
\newtheorem{lemma}[definition]{لم}
\newtheorem{proposition}[definition]{گزاره}
\newtheorem{corollary}[definition]{نتیجه}
\newtheorem{remark}[definition]{ملاحظه}
\newtheorem{exam}{تمرین}[chapter]
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{example}[definition]{مثال}
\newtheorem{taz}[definition]{تذکر}
\newtheorem*{pas}{حل}
%برای اعداد لاتین بشه اینو بذارید.
\DefaultMathsDigits
\begin{document}\null\vfill
\begin{table}[H]
\centering
\caption{\parbox{14cm}{مقایسه حداکثر دامنه سیگنا‌لهای کنترلی، مسیرها و زمان همگرایی خروجی چهار روش کنترل مد لغزشی ترمینال سریع پیشنهادی، کنترل مد لغزشی، کنترل مد لغزشی مرتبه دوم و کنترل سطح دینامیکی}}
\label{table.4}
\begin{latin}
\begin{tabular}{|P{2.5cm}|P{2.5cm}|P{2.5cm}|P{2.5cm}|P{3.5cm}|}
\hline
\multicolumn{2}{|c|}{\rl{فارسی}} & \multicolumn{2}{c|}{MSE} & ~ \\
\cline{1-4}
$y_2$& $y_1$&$y_2$& $y_1$& \\ \hline
333& 0.0157 &0.0057& 429.39&TSMC\\ \hline
333& 0.0157 &0.0057& 429.39&Super-Twisting\\ \hline
555&6350(Nm)& 0.0157 &0.0057& SMC\\ \hline
\end{tabular}
\end{latin}
\end{table}
\end{document}
خروجی شما با نسخه‌های اولیه‌ی تکلایو 2018 مطابق زیر است:
موفق باشید.
