سلام
نحوه‌ی کاربرد دستورات شما درست نیست. اولین نکته انتخاب Scale نامناسب برای فونت است.
اگر می‌خواهید قسمتی را با فونت متغیر معرفی کنید به صورت زیر عمل کنید. ابتدا فونتی با نام مثلا
mfon و با اندازه‌ی فونت دلخواه معرفی کنید:
\defpersianfont\mfon[Scale=4.5]{IranNastaliq}
و در متن این‌چنین قرار دهید:
{\mfon
سلام بر شما}
بسته‌ی geometry نیز تنظیمات هندسی صفحه را مطابق زیر برای شما انجام می‌دهد:
\usepackage[top=3cm,left=2cm,right=3cm,bottom=3cm,twoside]{geometry}
دستورات شما مطابق زیر است:
\documentclass{article}
\usepackage[top=3cm,left=2cm,right=3cm,bottom=3cm,twoside]{geometry}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}
\defpersianfont\mfon[Scale=4.5]{IranNastaliq}
\title{Thermodynamics, adsorption kinetics and rheology of mixed protein–surfactant interfacial layers}
\author{\lr{Cs. Kotsmar, et al, R. Miller}}
\date{2019/February/7}
\date{18-بهمن-۱۳۹۷}
\begin{document}
\maketitle
{\mfon
سلام بر شما}
\begin{latin}
Depending on the bulk composition, adsorption layers formed from mixed protein/surfactant solutions contain different amounts of protein. Clearly, increasing amounts of surfactant should decrease the amount of adsorbed proteins successively.
\end{latin}
با توجه به ترکیبات موجود در بالک، لایه‌های پروتئین-سورفکتنت جذب شده در میان‌رویه شامل مقادیر متفاوت پروتئین است.
\end{document}
خروجی زیر را نیز با تکلایو 2018 دارید:
چند نکته در مورد فایل شما قابل توجه است:
زمانی که از بسته‌ی زی‌پرشین برای حروف‌چینی فارسی استفاده کنید نیاز به استفاده از دستور \rl{} برای ایجاد متن فارسی نیست. به طور پیش‌فرض متن به صورت فارسی ایجاد می‌شود.
برای متن کوتاه لاتین شما باید از \lr{} استفاده کنید و برای متون بلند از محیط لاتین به صورت زیر باید استفاده کنید:
\begin{latin}
text text text text text text text text text text text text text text text text text text text text
text text text text text text text text text text
text text text text text text text text text text
\end{latin}
موفق باشید.
