بسته subfigure را میتوانید با یکی از گزینههای scriptsize، small و ... بکار برید تا اندازه کپشن زیرشکلها تغییر کند. 
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage[font={scriptsize}]{caption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[scriptsize]{subfigure}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\begin{document}
	\begin{figure}[h]
	\centering
	\subfigure[عکس شماره یک]{\includegraphics[height=5cm]{Stirrer.JPG}}
	\hspace*{1cm}
	\subfigure[عکس شماره دو]{\includegraphics[height=5cm]{Stirrer.JPG}}
	\caption{عکس شماره یک و دو}
	\end{figure}
عکس شماره یک و دو را در بالا مشاهده میفرمایید. اندازۀ فونت کپشن زیرْشکلها را میخواهم کوچک کنم.
\end{document}
