متاسفانه فایل شما کمینگی لازم را نداشت؛ علاوه بر این تعدادی فایل مورد لزومش نیز همراه نبود.
بهرحال خطای اصلی فایل شما در این است که بعد از دستور \pagenumbering{harfi}
بلافاصله دستور \setcounter{page}{-1} آمده است که سبب خطای ! LaTeX Error: Counter too large. می‌گردد.
نمیدانم به چه دلیلی چنین کاری انجام داده‌اید--کم کردن یک واحد از شمارنده شماره صفحه--! برای رفع این مشکل کافی است که یا جای این دو دستور را جابجا کنید یا صحیح‌تر اینکه سطر \setcounter{page}{-1} را در فایل اصلی پاک کنید.
می‌توانید برای دیدن مشکل کد کمینه زیر را اجرا کنید تا به خطای ایجاد شده پی‌ببرید. پس از اجرا هم بهتر است خط مورد بحث را پاک کرده و دو مرتبه کامپایل نمایید و نتیجه را در یابید.
\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{Yas}
\begin{document}
\pagenumbering{harfi}
\setcounter{page}{-1}
سلام
\end{document}
بهرحال فایل اصلاح شده را برایتان ضمیمه جواب کردم تا بتوانید همانرا توسعه دهید --از آنجایی که امکان ضمیمه نمودن فایل در پاسخ نیست در این آدرس فایل‌ها برایتان آپلود شده است--.
فایلهایی که در کنار فایلهای دیگرتان ایجاد شده است برای کارتان لازم است لکن باید محتویات آن‌ها را مطابق با نیاز خودتان کامل کنید:
منظور فایلهای thank.tex و abstractfa.tex و abstracten.tex است.
ضمنا سه تا تصویر هم کم داشت که پس از کامپیایل خودتان متوجه خواهید شد که با چه چیزهایی باید جایگزین گردند.
نکته آخر هم اینکه همیشه و همیشه برای رفع مشکل یک فایل کمینه را ضمیمه کنید؛ میدانید این فایل شما چقدر وقت چندین نفر را تا کنون گرفته است.
موفق باشید
