در خصوص جدول که میتوانید آن را scale کنید تا اینکه در صفحه جا شود و در خصوص عدم تراز شدن به سبب استفاده از گزینه tableposition=top است.
تغییرات زیر را اعمال کنید:
\usepackage[font=small,labelfont=bf,]{caption}%tableposition=top
و برای جدول هم ...
\fbox{\begin{minipage}[b]{0.40\textwidth}
\centering
\includegraphics[width=1.0\textwidth]{Fig1}
\captionof{figure}{A table beside a figure}
\end{minipage}}
\fbox{\begin{minipage}[b]{0.55\textwidth}
\centering
\scalebox{.8}{\begin{tabular}{cccc}\hline
Table head & Table head& Table head & Table head \\ \hline
Table head & Table head& Table head & Table head \\ \hline
Table head & Table head& Table head & Table head \\ \hline
Table head & Table head& Table head & Table head \\ \hline
Table head & Table head& Table head & Table head \\ \hline
\end{tabular}}
\captionof{table}{A table beside a figure}
\end{minipage}}
البته \fbox را برای این گذاشتم که تراز بودن را مشاهده نمایید:
