با توجه به فایلی که ضمیمه نموده‌اید معلوم است که نسخه زی‌پرشین شما بسیار قدیمی است. پس در اولین گام آن را به روز رسانی نمایید.
دوم اینکه زی‌پرشین باید آخرین بسته‌ای باشد که لود می‌نمایید.
سوماً بسته‌هایی ماننده amsmath را نیز باید لود نمایید.
چهارم اینکه فایل در قسمت فرمول ایراد داشت.
نکته آخر اینکه برای ایجاد فضای خالی در فرمول‌ها بهتر است از دستوراتی که در زیر مشخص شده استفاده نمایید.
از کتاب «مقدمه‌ای نه چندان کوتاه بر لاتک۲ای»
با رعایت نکات فوق من هیچ مشکلی با فایل شما ندارم.
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
توزیع وایبل
\LTRfootnote{Weibull}
با پارامتر مقیاس
\LTRfootnote{scale parameter}
$\theta>0$
و پارامتر شکل
\LTRfootnote{shape parameter}
$\beta>0$
دارای تابع چگالی و توزیع تجمعی به شکل زیر است.
\begin{align}
\label{l-302}
f_X(x;\lambda,\beta) &=\frac{\beta}{\lambda}\left(\frac{x}{\lambda}\right)^{\beta-1}\exp\left\{-\left(\frac{x}{\lambda}\right)^\beta\right\},\qquad x>0,\\
\label{l-303}
F_X(x;\lambda,\beta)&=1-\exp\left\{-\left(\frac{x}{\lambda}\right)^\beta\right\},\qquad x>0,
\end{align}
\end{document}
