نمی‌دونم این فایل cls رو از چه کسی گرفتید اما نویسنده‌ی اون یک آلمانی است که مناسب برای حروف‌چینی پارسی نیست! و شما در موارد زیاد دیگری هم دچار مشکل خواهید شد!
اما پاسخ:
فایل thesis.cls رو باز کنید (با ویرایشگرتون) و به سطر 1093 برید. اونجا نوشته:
\def\tableshortname{Tab.}
و اون رو به صورت زیر تغییر بدید:
\def\tableshortname{جدول.}
