سلام
این بسته اون مساوی رو با توجه به پهنای معادله به عنوان نقطه‌ی تراز در نظر می‌گیرد. چنان‌چه می‌خواهید این اتفاق نیفتد از گروه‌بندی {=} استفاده کنید.
پیشنهاد من استفاده از محیط subequations از بسته‌ی amsmath به جای این محیط مطابق زیر است است.
\begin{subequations}
content...
\end{subequations}
کد‌های شما مطابق زیر است:
\documentclass[a4paper,10pt,oneside,openany,fleqn]{book}
\setcounter{secnumdepth}{5}
\setcounter{tocdepth}{5}
\usepackage{extsizes}
\usepackage{fontspec}
\usepackage{amsmath,amsfonts,amssymb,amscd}
\usepackage{wasysym}
\usepackage[font={small}]{caption}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{breqn}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{paralist}
\usepackage{makeidx}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{ptext}
\usepackage{titletoc}
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
\usepackage[left=2.5cm,right=3.5cm, top=3cm,bottom=2cm]{geometry}
\renewcommand{\baselinestretch}{0.5}
\makeindex
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
%%%%%%%%%%%%%%%%%------------------------
\usepackage{etoolbox}
\patchcmd{\chapter}{plain}{empty}{}{}
%%%%%%%%%%%%%%%%%------------------------
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\usepackage{bidiftnxtra}
\settextfont[Scale=1.4]{B Nazanin}
\defpersianfont\nast{IranNastaliq}
\defpersianfont\titr{B Titr}
\setdigitfont[Scale=1.2]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1.2]{Times New Roman}
\begin{document}
\begin{dgroup}
\begin{dmath}
\nabla\times=\mathbf{E}+\frac{\partial\mathbf{B}}{\partial t}\,{=}\, 0
\end{dmath}
\begin{dmath}
\nabla\times\mathbf{H}-\frac{\partial\mathbf{D}}{\partial t}\,{=}\,\mathbf{J}
\end{dmath}
\begin{dmath}
\nabla\times\mathbf{D}=\rho
\end{dmath}
\begin{dmath}
\nabla\times\mathbf{B}=0
\end{dmath}
\end{dgroup}
\end{document}
خروجی شما با نسخه‌های اولیه‌ی تکلایو 2018 مطابق زیر است:
موفق باشید.
