سلام
فایل کمینه‌ِی شما اجرایی نیست. باید این فایل به صورت مجزا اجرایی باشد.
روش اول:
از امکانات بسته‌ی subcaption به صورت زیر کمک بگیرید:
\documentclass{article}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\begin{document}
\begin{table}
\begin{subtable}{.5\linewidth}\centering
{\begin{tabular}{| r | r | r | r |}
\hline
A & B & C & D \\ \hline
1 & 2 & 3 & 4 \\ \hline
\end{tabular}}
\caption{زیرنویس اول}\label{tab:1a}
\end{subtable}%
\begin{subtable}{.5\linewidth}\centering
{\begin{tabular}{| r | r | r | r |}
\hline
A & B & C & D \\ \hline
1 & 2 & 3 & 4 \\ \hline
\end{tabular}}
\caption{زیرنویس دوم}\label{tab:1b}
\end{subtable}
\caption{کپشن کلی}\label{tab:1}
\end{table}
\end{document}
خروجی شما به صورت زیر است:
![enter image description here][1]
اگر می‌خواهید سیستم شماره‌گذاری زیرنویس‌ها را تغییر دهید مربوط به این سوال نیست و باید جداگانه در سوال دیگر مطرح شود.
روش دوم مطابق با خواسته‌ی شما در قسمت نظرات:
اگر از قبل در فایل شما از دستور \subfigure استفاده کرده‌اید و نمی‌خواهید تغییری ایجاد کنید از امکانات بسته‌ی subfig و مطابق زیر بهره بگیرید:
\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{subfig}
\usepackage{float}
\let\subfigure\subfloat
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\begin{document}
\begin{table}[H]
\centering
\subfloat[زیرنویس دوم]{
\begin{tabular}{| r | r | r | r |}
\hline
A & B & C & D \\ \hline
1 & 2 & 3 & 4 \\ \hline
\end{tabular}
}\hfill
\subfloat[زیرنویس دوم]{
\begin{tabular}{| r | r | r | r |}
\hline
A & B & C & D \\ \hline
1 & 2 & 3 & 4 \\ \hline
\end{tabular}
}
\caption{زیرنویس کلی}
\end{table}
\begin{figure}[H]
\centering
\subfigure[زیرنویس اول]{\includegraphics[width=0.45\linewidth]{example-image-a}}
\subfigure[زیرنویس اول]{\includegraphics[width=0.45\linewidth]{example-image-b}}
\caption{زیرنویس شکل}
\end{figure}
\end{document}
خروجی زیر را دارید:
موفق باشید.
