با درود
همانطور که در راهنمای بسته هم شرح داده شده است هر کجا که دستور \ToggleAyahNumber ظاهر شود عملکرد نمایش/عدم‌نمایش شماره آیه معکوس می‌شود. لذا در مثال شما که بسته با گزینه nonumber لود شده است هیچ شماره آیه‌ای نمایش داده نخواهد شد و دستور \ToggleAyahNumber سبب می‌شود که عملکرد بسته از این نقطه به بعد برعکس گزینه لود شده باشد اما از آنجایی که در کد شما این دستور در یک آکولاد محصور شده است اثری محلی خواهد داشت و نه کلی.
بهر حال پاسخ شما در پاک کردن دستور \ToggleAyahNumber از کدتان است.
کد نمونه زیر این نکته را بهتر مشهود می‌سازد:
\documentclass{article}
\usepackage{fullpage}
\usepackage[uthmani]{quran}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Amiri}
\parindent=0pt
\begin{document}
\quransurah*\par
\ToggleAyahNumber
\quransurah*\par
\ToggleAyahNumber
\quransurah*\par
\ToggleAyahNumber
\quransurah*
\end{document}
