سلام
خروجی فهرست مطالبتون در فایل شما به این صورته:

خطوط شماره 204 و 205 فایل preamble.tex
شما به این صورته:
\let\stdl@chapter\l@chapter
\renewcommand*{\l@chapter}[2]{\stdl@chapter{{#1}}{}}
این دو خط رو غیرفعال کنین.
(اول خطوط درصد لاتین 5
بذارین.
خروجی فهرست مطالب بصورت زیر که خواستین، تغییر میکنه. (شماره صفحه به سطر عناوین فصل اضافه شد)

نکته:
از شروع فصل اکثرا شماره صفحه را حرفی نمیگذارن و عددی میذارن. ممکنه شما موقع ارسال فایل کمینه، دستورات شماره صفحه را دست زدین و در قالب اصلی شما این مساله نباشد.
موفقتر باشین