لطفاً نحوه درست کردن فایل کمینه را یاد بگیرید. در صورت پرسش دوباره به این صورت پاسخی نخواهید گرفت. فایل کمینه‌ای که شما باید قرار می‌دادید تنها این بود:
\documentclass{article}
\usepackage{color}
\usepackage{framed}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\definecolor{shadecolor}{cmyk}{0,0,1,0}
\begin{document}
\begin{shaded}
آمیگدال%
\LTRfootnote{Amygdala}
یا در فارسی بادامه قسمتی در مغز است. هسته پایینی-جانبی بادامه نقش مهمی در حافظه و یادگیری هیجانی ایفا می‌کند، اطلاعاتی که جنبهٔ هیجانی دارند از بادامه می‌گذرند و حافظه مربوط به آنها بهتر ذخیره می‌شود. هم‌چنین بادامه تثبیت و ذخیره کردن حافظه‌ها را در نواحی دیگر مغز تحت تاثیر قرار می‌دهد. بادامه مسئول تظاهرات هیجانی چهره، مانند خوشحالی و ترس است. بادامه علاوه بر نقش اصلی در درک احساس‌ها و ایجاد پاسخ به آنها، در تعدیل درد نیز دخالت دارد. هستهٔ مرکزی بادامه به عنوان بادامه کنترل درد، معرفی شده است. به عنوان فیلتر استرس
\end{shaded}
\end{document}
این فایل کمینه را با فایل خود مقایسه کرده و نحوه درست کردن فایل کمینه را یاد بگیرید.
بسته framed محتوای محیط shaded را داخل یک کادر قرار می‌دهد و بنابراین محتوای زیرنویس گم می‌شود. برای حل مشکل می‌توانید از ترکیب \footnotemark و \LTRfootnotetext استفاده کنید:
\documentclass{article}
\usepackage{color}
\usepackage{framed}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\definecolor{shadecolor}{cmyk}{0,0,1,0}
\begin{document}
\begin{shaded}
آمیگدال%
\footnotemark
یا در فارسی بادامه قسمتی در مغز است. هسته پایینی-جانبی بادامه نقش مهمی در حافظه و یادگیری هیجانی ایفا می‌کند، اطلاعاتی که جنبهٔ هیجانی دارند از بادامه می‌گذرند و حافظه مربوط به آنها بهتر ذخیره می‌شود. هم‌چنین بادامه تثبیت و ذخیره کردن حافظه‌ها را در نواحی دیگر مغز تحت تاثیر قرار می‌دهد. بادامه مسئول تظاهرات هیجانی چهره، مانند خوشحالی و ترس است. بادامه علاوه بر نقش اصلی در درک احساس‌ها و ایجاد پاسخ به آنها، در تعدیل درد نیز دخالت دارد. هستهٔ مرکزی بادامه به عنوان بادامه کنترل درد، معرفی شده است. به عنوان فیلتر استرس
\end{shaded}
\LTRfootnotetext{Amygdala}
\end{document}
