با تشکر از @ایمان بیات
برای تکمیل پاسخ ایشان باید گفت که احتمالاً نمیخواهید شمارهٔ پاورقی‌های متن بهم بریزید و طبیعتاً می‌خواهید متن در برابر تغییرات بعدی پایدار باشد. بدین منظور کافی است شمارنده پاورقی را به میزان لازم اصلاح نموده و دیگر نگران تغییراتی که در بعد اعمال می‌نمایید نباشید.
در مثال شما پس از گذاشتن دو \footnotemark به مقدار شمارنده پاورقی دو عدد اضافه می‌گردد حال می‌توان با کم نمودن یک واحد از آن به صورتی که در ادامه آمده است به مطلوب دست یافت.
ماکروی \addtocounter به میزان مشخص شده به شمارنده ذکر شده اضافه می‌نماید -- این مقدار می‌تواند منفی هم باشد.
ماکروی \stepcounter هم یک واحد به مقدار شمارنده می‌افزاید.
\documentclass{article}
\usepackage{color}
\usepackage{framed}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\definecolor{shadecolor}{cmyk}{0,0,1,0}
\begin{document}
\begin{shaded}
آمیگدال
\footnotemark
به عنوان فیلتر استرس و سلامت
\footnotemark
\end{shaded}
\addtocounter{footnote}{-1}
\LTRfootnotetext{Amygdala}
\stepcounter{footnote}
\LTRfootnotetext{salamat}
\footnote{یک پاورقی دیگر}
\end{document}
@برناردت
دقیقا نمی‌دانم از چه ویرایشگری استفاده می‌نماید--احتمال می‌دهم نسخه‌های اولیه بی‌دی‌تکمیکر باشد-- لکن کلی کاراکترهای اضافی در کدتان قرار داده است که ممکن است در انتقالات بین آن ادیتور و دیگر ادیتورها دچار مشکل شوید.
