برای این کار کافیه شما تعریف دستور \@makefntext رو تغییر بدهید.
\documentclass[12pt,oneside]{book}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\makeatletter
\long\def\@makefntext#1{\parindent 1em
\noindent\hbox to 2em{}%
\llap{\@thefnmark-\,\,}#1}
\makeatother
\begin{document}
\chapter{مقدمه}
\section{مدل استاندارد}
مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی
% ------------------------------------------
\RTLfootnote{
خلاصه‌ای از واقعیت را مدل گویند.
}
% ------------------------------------------
و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی
% ------------------------------------------
\LTRfootnote{Simulation is the imitation of the operation of ...}
% ------------------------------------------
مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی مدل سازی و شبیه سازی
\end{document}
