سلام
کافیه دستور pdflatex یا xelatex را با سوئیچ زیر بکار ببرین:
--output-directory=build
یعنی مثلاً:
xelatex --shell-escape -interaction=nonstopmode -synctex=-1 --output-directory=build %.tex
در این صورت یک پوشه به اسم build بصورت اتومایتک ایجاد میشه و همه فایلهای کمکی فایل tex شما توی اون ایجاد میشن و کنار فایل Tex شما شلوغ نمیشه.