سلام.
label را باید بعد از
\\
بگذارید. با این کار جواب می گیرید.
\documentclass{article}
\usepackage{amsfonts,amsmath,amssymb,latexsym,amsthm}
\begin{document}
\begin{flalign}\label{4.3}
u1(x,t)\approx & x+1 &\\ \label{p1}
u2(x,t)\approx &\, x+2 & \\
\ &\, x+5 .&
\end{flalign}
\ref{p1}
\end{document}