فارغ از اینکه این کار درست است یا خیر، یک راه‌حل این است که در ابتدای محیط subequations از حروف الفبای انگلیسی استفاده کنید. با روشی مشابه می‌توان این کار را برای محیط figure هم انجام داد. برای این منظور تکه کد زیر را در دیباچه قرار دهید.
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{subequations}{\LatinAlphs}
\bidi@AtBeginEnvironment{figure}{\LatinAlphs}
\makeatother
توجه کنید که این کد را بعد از زی‌پرشین قرار دهید.
کد کمینه و قابل اجرا:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{subfig}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setmathdigitfont{Yas}
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{subequations}{\LatinAlphs}
\bidi@AtBeginEnvironment{figure}{\LatinAlphs}
\makeatother
\begin{document}
\begin{subequations}
\begin{align}
a+b = c\\
x+y = z
\end{align}
\end{subequations}
\begin{figure}[ht]
\centering
\subfloat[عنوان اول]{\includegraphics[width=4cm]{example-image-a}} \qquad
\subfloat[عنوان دوم]{\includegraphics[width=4cm]{example-image-b}}
\caption{عنوان کلی} \label{fig:mysubfig}
\end{figure}
\end{document}
