از این کد استفاده کنید:
\newtheorem{theorem}{قضیه}[section]
\renewcommand{\thetheorem}{%
\ifnum\value{section}=0
\rl{\thechapter}% "no section"
\else
\rl{\thesection}% at least within a section
\fi%
.\arabic{theorem}}
به عنوان مثال:
\documentclass[12pt]{report}
\usepackage{amsthm,amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\newtheorem{theorem}{قضیه}[section]
\renewcommand{\thetheorem}{%
\ifnum\value{section}=0
\rl{\thechapter}% "no section"
\else
\rl{\thesection}% at least within a section
\fi%
.\arabic{theorem}}
\begin{document}
\chapter{فصل با بخش}
\section{بخش اول}
\begin{theorem}
سلام ~\ref{abc} و~\ref{def}.
\end{theorem}
\begin{theorem}\label{abc}
سلام
\end{theorem}
\section{بخش دوم}
\begin{theorem}
سلام
\end{theorem}
\begin{theorem}
سلام
\end{theorem}
\chapter{فصل بدون بخش}
\begin{theorem}\label{def}
سلام
\end{theorem}
\end{document}
خروجی:
برگرفته از این پرسش و پاسخ.