اگر منظورتون اینه که phi به صورت غیر ایتالیک نوشته بشه از کد زیر استفاده کنید:
\documentclass[11pt,a4paper]{report}
\usepackage{fouriernc}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\[S=\sum_{i=1}^L \sum_{j=1}^L {\otherphi(i,j)}\]
\end{document}
همانطور که گفتم فونت wsuipa خیلی قدیمی است و در خود ctan گفته از بسته tipa استفاده کنید. برای اینکار هم میتونید با فراخوانی بسته tipa از دستور \textphi
در حالت متن (نه ریاضی) استفاده کنید.