مثل فرمولهای یکخطی، اینجا هم باید آخر هر فرمول، برچسب بهش بدید؛ پس به این صورت باید عمل کنید:
\documentclass{article}
\usepackage{amsthm,amssymb}
\usepackage[fleqn]{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Zar}
\begin{document}
\begin{align}
& \left( {\frac {\rm d}{{\rm d}t}}\vec{V} \right) _{{b}}=\dot u \vec{i}+\dot v \vec{j}+\dot w \vec{k}\label{eq1}\\
& \vec{\omega} \times \vec{V} = (qw-rv)\vec{i}+(ru-pw)\vec{j}+(pv-qu)\vec{k} \label{eq2}
\end{align}
در روابط \eqref{eq1} و \eqref{eq2} میبینیم ...
\end{document}
به دستور \eqref
هم دقت کنید که خودش به طور خودکار یک جفت پرانتز به شماره فرمول اضافه میکنه.