این کد کار میکنه.
\documentclass[pdf]{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\begin{document}
\begin{equation} \label{1.3}
x_{i}(t+1)=
\sum\limits_{j=1}^{n} A_{ij} \times x_{j}(t)
\hspace{1cm} i=1,...,n \quad t=0,1,...
\tag{\textbf{1.3}}
\end{equation}
\end{document}
ولی اگه بخواهید از همان \textsubscript استفاده کنید باید خارج از محیط eq باشید مثل زیر:(این 2 تا را مقایسه کنید)
\documentclass[pdf]{article}
\usepackage{fixltx2e }
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\begin{document}
$$ x \textsubscript{i}(t+1)=
\sum\limits_{j=1}^{n} A\textsubscript{ij} \times x\textsubscript{j}(t)
\hspace{1cm} i=1,...,n \quad t=0,1,...
$$
\end{document}