در خط دوم کدتون، کاراکترهای نامرئی دارید:
\usepackage[top=3cm‎, ‎bottom=3cm‎, ‎left=2.5cm‎, ‎right=3.5cm]{geometry}
کد بدون مشکل، به این صورته:
\documentclass[a4paper,12pt]{book}
\usepackage[top=3cm,bottom=3cm, left=2.5cm, right=3.5cm]{geometry}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{IRLotus}
\setlatintextfont{Times New Roman}
\begin{document}
\chapter{تمرین}
این یک تمرین است.
\end{document}
راهحل تشخیص و حذف کاراکترهای کنترلی رو توی این پاسخ نوشتم.