سلام
این فاصله به خاطر \arraycolsep هست که فاصلهای است که بین ستونهای جدول وجود داره. با تنظیم اون میشه مسأله رو حل کرد. کافیه که قبل از شروع متن این دو خط رو بنویسد
\usepackage{etoolbox}
\AtBeginEnvironment{array}{\setlength{\arraycolsep}{-2pt}}
ویرایش
البته باید دقت کردکه با روش بالا هرگاه محیط array داشته باشیم، مقدار فاصله بین ستونهامنفی میشه و ممکنه در جاهایی این کار باعث بروز مشکل بشه. اگر در کل متن از array استفاده نمیکنیم که مشکلی نیست. اما اگر استفاده میکنیم، باید به طور موقت مثل کد زیر مقدار فاصله رو منفی کنیم و بعد دوباره به حالت اول برش گردونیم.
\documentclass[12pt]{report}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\newdimen\oldarrsep
\setlength{\oldarrsep}{\arraycolsep}
\setlength{\arraycolsep}{-3pt}
\begin{align*}
&a + b + c =1
\\
&
\left .
\begin{array}{l}
d + e + f = 2 \\
g + h + i = 3
\end{array}
\right .
\end{align*}
\setlength{\arraycolsep}{\oldarrsep}
\[
\begin{array}{ll}
a & b \\
c & d
\end{array}
\]
\end{document}
همونطور که مشاهده میشه، یه متغیر جدید تعریف کردیم و مقدار \arraycolsep رو توش ریختیم. بعد قبل از محیط align* مقدار \arraycolsep رو برابر با -3pt قرار دادم. وقتی محیط align* تموم میشه، دوباره مقدار متغیر \arraycolsep رو به حالت اولیه برگردوندم.