حدس می‌زنم منظور شما از thesis، فایل thesis.tex است که فایل اصلی (root) شماست و فایل‌های دیگر پایان‌نامه در اون فراخوانی شدن و همچنین منظورتون از structure، پنجره structure ویرایشگر تک‌میکر یا تک‌استودیو است که از طریق منوی View این دو نرم‌افزار، فعال/غیرفعال می‌شن.
برای اینکه بتونید یک فصل دیگر به پایان‌نامه‌تون اضافه کنید، اول باید در همان پوشه حاوی فصل‌های دیگر پایان‌نامه، یک فایل تِک جدید ایجاد کنید و اسمش رو مثلاً chapter4 بذارید. حال فقط کافیه دستور
\include{chapter4}
رو بعد از دستور فراخوانی فصل ۳، یعنی
\include{chapter3}
قرار بدید و مطالب مربوط به فصل ۴ رو داخلش بنویسید و بعد فایل thesis.tex رو اجرا کنید.
