سلام
۱- زیپرشین ۲ بار در فایل شما فراخوانی شده. یک بار در فایل اصلی. یک بار در فایل commands. کافیه اونی که در فایل اصلی هست را حذف کنین و اون خاصیت را در فایل commands بهش بدین.
۲- در فایل commands بسته perpage بعد زیپرشین فراخوانی شده. درست نیست. باید بیاد قبلش.
۳- اگه منظورتون از سرچ ، همون hyperlink هست، شما باید بسته hyperref را قبل xepersian فراخوانی کنین. (بهتره جزو آخرینها باشه.)
۴- بسته geometry هم ۲ بار فراخوانی شده.
۵- در article ما chapter نداریم، اما شما در فایلتون دستور زیر را استفاده کردین و باعث خطا شده.
\numberwithin{algorithm}{chapter}
لطفا فایل میفرستین، کمینه باشه. همین کمینه کردن باعث میشه قبل اینکه سوالو بپرسین، خود مشکل نمایان بشه.
لطفا عنوان سوال را بهتر کنین. «یک مشکل» اصلا معرف مشکل نیست. مثلا مشکل غیرفعال شدن سرچ در عنوان بیاید بهتره. با تشکر برای همکاری