سلام
مشکل من حل شد، راه حل را در اینجا قرار می‌دهم تا دوستان عزیزی که مشکل مشابهی دارند از آن استفاده کنند.
برای حذف صفحات خالی باید در قسمت option مربوط به documentclass دستور oneside را قرار داد که البته این دستور در فایل اصلی من (که در فایل زیپ همراه با عنوان Thesis.tex ذخیره شده) وجود داشت اما چون option های سند به طور جداگانه در thesis.cls هم تعریف شده بود دستور oneside باید در آنجا هم قرار داده شود.
