جهت تغییر نماد نقطه در شماره بندی بخش و فصل به خط تیره باید \SepMark{-} بعد از بسته زی پرشین بیاد.
\documentclass{book}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{xepersian}
\SepMark{-}
\makeatletter
\bidi@patchcmd{\@makechapterhead}{\thechapter}{\tartibi{chapter}}{}{}
\bidi@patchcmd{\chaptermark}{\thechapter}{\tartibi{chapter}}{}{}
\makeatother
\settextfont[Scale=1]{XB Zar}
\setdigitfont{PGaramond}
\setlatintextfont{Times New Roman}
\theoremstyle{thorem}
\newtheorem{theorem}{قضیه}[section]
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{فصل اینجا}
\section{بخش اینجا}
\subsection{زیر بخش اینجا}
\begin{theorem}
شرح قضیه
\end{theorem}
\end{document}
