با سلام مجدد
فایل شما اندکی تغییر یافت و پاورقی بدون مشکل تولید می‌شود. به کد زیر توجه کنید.
\documentclass{report}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{xepersian}
\newcommand{\HRule}{\rule{\linewidth}{2.5mm}}
\renewcommand{\baselinestretch}{1.5}
\settextfont{XB Niloofar}
\setlatintextfont{Arial}
\begin{document}
\tableofcontents
%\listoftables
%\listoffigures
\chapter{پیشگفتار}
\chapter{مقدمه}
به صورت کلی
علی\LTRfootnote{ali}
در
سیستم‌های اختفاء اطلاعات سه عنصر اصلی ظرفیت، امنیت و مقاومت دخیل هستند. در روش‌های نهان‌نگاری عناصر ظرفیت و امنیت اهمیت اصلی را دارند. در دنیای امروز، جوهر نامرئی و کاغذ که در گذشته برای برقراری ارتباط پنهانی به کار برده می‌شد به وسیله رسانه‌های عملی‌تر مثل تصویر- ویدئو- فایل‌های صوتی جایگزین شده‌اند. به دلیل اینکه این رسانه‌های دیجیتال دارای افزونگی اطلاعاتی زیادی هستند
\end{document}
