سلام
۱- علت مربع شدن متن انگلیسی به ناکاملی فونت مورد استفادهی شما برمیگرده.
برای حل این مشکل کافی است که از قلم لاتین پیشفرض خود لاتک استفاده کنید. بدین منظور کافیه که عبارت انگلیسی رو داخل محیط \lr{} بنویسید.
توجه: برای عبارتهای لاتینی که بیش از یک سطر هستند از محیط latin استفاده کنید:
\begin{latin}
.
.
.
\end{latin}
۲- اگر میخواهید عمری راحت باشید، پیشنهاد میکنم بهجای تکمیکر از ویرایشگرهای دیگری مانند texworks و یا texstudio استفاده کنید.
۳- احتمالاً منظور شما از چاپ شدن عنوان در بالای صفحات همان header است. در این صورت، باید از بستهی fancyhdr به همراه تنظیمات مربوطه استفاده کنید. بدین منظور به راهنمای این بسته مراجعه کنید. همینطور میتونید همین سایت رو جستجو کنید.