مشکل به این خاطر به وجود می‌آید که چندین بسته فراخوانی کرده‌اید که شمارنده عکس‌ها را تعریف می‌کنند. در فایل commands از خط ۱۷ به بعد توجه بفرمایید اول بسته caption را فراخوانی کنید. بعد از آن به جای بسته subcaption بسته subfigure را فراخوانی کنید و تمام سطرهایی که با RequirePackage شروع شده‌اند را حذف کنید. یعنی داشته باشید:
\usepackage{caption}
\usepackage{subfigure}
بسته subcaption نیاز نیست. سایر بسته‌ها را نیز اگر نیاز دارید استفاده کنید، اگرنه غیرفعال کنید. با یک جستجوی ساده می‌توانید بفهمید که مثلاً بسته cite یا epsfig چه کاری انجام می‌دهند. آیا واقعاً به درد شما می‌خورند؟
