سلام
فایل سمینارتونو کامل آپلود کردین و سوءاستفاده بشه، مقصر خودتونین. توی قوانین اومده فایل شخصی آپلود نکنین.
۱- documentclass را article استفاده کردین و بعدش اومدین با دستورهایی استایل رو شمابه report درآوردین. خب از همون اول report بذارین.بعدش دستورهای numberwithin را حذف کنین.
۲- \usepackage{xepersian} باید آخرین usepackage باشه.
بعدش باید دستور settextfont باشه.
۳- ارورهای تایپی توی متن را هم باید رفع کنین.
۴- \newtheorem{proof}{اثبات}[section] اضافی و اشتباهه.
۵- وقتی a4paper را در documentclass گذاشتین، دیگه نیازی به \geometry{total={210mm,297mm}, top=20mm} (قسمت total) نیست.
۶- از استفاده از محیط eqnarray خودداری کنید. بهتره از محیطهای جدیدتر مثلا align استفاده کنین.
اینا رو رفع کنین، فایل خروجی میده.