برای این کار باید تعریف دستور \@seccntformat رو تغییر داد:
\documentclass{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\SepMark{-}
\makeatletter
\renewcommand\@seccntformat[1]{%
{\csname the#1\endcsname})\hspace{.5em}}
\makeatother
\begin{document}
\chapter{مقداری متن نمونه}
\section{مقداری متن}
\subsection{مقداری متن دیگر}
\begin{align}
a^2=b^2+c^2
\end{align}
\end{document}
نکته مهمی که در اینجا وجود داره، اینه که نباید به اشتباه، تعریف دستورهای \thesection و \thesubsection رو تغییر داد؛ چون در این حالت، در صورت ارجاع دادن به قسمتها و زیرقسمت‌ها در متن، علاوه بر شماره‌های اون‌ها، علامت پرانتز هم ظاهر می‌شه که درست نیست.
