اگر به جای استفاده از فاصله دستی [0.5cm] از دستور \renewcommand{\arraystretch}{2} استفاده کنید مشکلی پیش نخواهد آمد.
عدد 2 قابل تغییر است.
ویرایش:
\documentclass{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{array}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{B Nazanin}
\renewcommand{\arraystretch}{2}
\begin{document}
\newcolumntype{M}[1]{>{\centering\arraybackslash}m{#1}}
\newcolumntype{N}{@{}m{0pt}@{}}
\begin{center}
\begin{tabular}{ | M{0.5cm} | M{0.5cm} | M{0.5cm} | M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm} | M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm} | M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm} N }
\hline
$M$ & $L$ & $K$ & $J$ & $I$ & $H$ & $G$ & $F$ & $E$ & $D$ & $C$ & $B$ & $A$ \\%[0.5cm]
\hline
$12$ & $11$ & $10$ & $9$ & $8$ & $7$ & $6$ & $5$ & $4$ & $3$ & $2$ & $1$ & $0$\\%[0.5cm]
\hline
\end{tabular}
\begin{tabular}{ | M{0.5cm} | M{0.5cm} | M{0.5cm} | M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm} | M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm} | M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm}| M{0.5cm} N }
\hline
$Z$ & $Y$ & $X$ & $W$ & $V$ & $U$ & $T$ & $S$ & $R$ & $Q$ & $P$ & $O$ & $N$\\%[0.5cm]
\hline
$25$ & $24$ & $23$ & $22$ & $21$ & $20$ & $19$ & $18$ & $17$ & $16$ & $15$ & $14$ & $13$\\%[0.5cm]
\hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{document}
