در قسمت
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\theoremstyle{theorem}
\newtheorem{theorem}[definition]{قضیه}
\newtheorem{lemma}[definition]{لم}
\newtheorem{proposition}[definition]{گزاره}
\newtheorem{corollary}[definition]{نتیجه}
\newtheorem{remark}[definition]{نکته}
\newtheorem{example}[definition]{مثال}
خودتان گفته‌اید که شماره‌های قضیه، لم، گزاره و... از قسمت تعریف پیروی کنند. اگر می‌خواهید شماره قضایا مستقل باشد باید داشته باشید:
\newtheorem{theorem}{قضیه}[section]
و اگر می‌خواهید همه شماره‌ها مستقل باشند کد زیر را جایگزین کنید:
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\newtheorem{theorem}{قضیه}[section]
\newtheorem{lemma}{لم}[section]
\newtheorem{proposition}{گزاره}[section]
\newtheorem{corollary}{نتیجه}[section]
\newtheorem{remark}{نکته}[section]
\newtheorem{example}{مثال}[section]
دقت کنید چون از استایل کتاب استفاده کرده‌اید باید فصل و بخش نیز معرفی کنید.
ویرایش: یک کد نمونه اضافه کردم.
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{B Nazanin}
\setdigitfont{B Nazanin}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\newtheorem{theorem}{قضیه}[section]
\newtheorem{lemma}{لم}[section]
\newtheorem{proposition}{گزاره}[section]
\newtheorem{corollary}{نتیجه}[section]
\newtheorem{remark}{نکته}[section]
\newtheorem{example}{مثال}[section]
\begin{document}
\section{مقدمه}
\begin{theorem}
این قضیه 1.1 است
\end{theorem}
\begin{corollary}
این نتیجه 1.1 است
\end{corollary}
\begin{example}
این مثال 1.1 است
\end{example}
\begin{remark}
این نکته 1.1 است
\end{remark}
\begin{theorem}
این قضیه 2.1 است
\end{theorem}
\begin{corollary}
این نتیجه 2.1 است
\end{corollary}
\begin{example}
این مثال 2.1 است
\end{example}
\begin{remark}
این نکته 2.1 است
\end{remark}
\section{قضایا}
\begin{theorem}
این قضیه بعدی است
\end{theorem}
\begin{corollary}
این نتیجه 1.2 است
\end{corollary}
\begin{example}
این مثال 1.2 است
\end{example}
\begin{remark}
این نکته 1.2 است
\end{remark}
\begin{theorem}
این قضیه 2.2 است
\end{theorem}
\begin{corollary}
این نتیجه 2.2 است
\end{corollary}
\begin{example}
این مثال 2.2 است
\end{example}
\begin{remark}
این نکته 2.2 است
\end{remark}
\end{document}
