سلام، فایل شما بدون اشکال اجرا میشود و شماره مرجع ها هم به درستی نشان داده می شوند.
به احتمال خیلی زیاد شما bibtex را اجرا نمی کنید. باید بعد از اجرای زی لاتک یکبار bibtex را اجرا کنید و سپس دوبار زی لاتک را اجرا نمایید.
xelatex bibtex-example.tex
bibtex bibtex-example.tex
xelatex bibtex-example.tex
xelatex bibtex-example.tex
البته فایلتون یک خطا می دهد و آن هم ناشی از انتخاب استایل acm-fa می باشد، چرا که این استایل با natbib سازگار نیست و شما می توانید استایل دیگری مانند plain را انتخاب کنید. یعنی توی دستوراتتون \bibliographystyle{acm-fa}
را به \bibliographystyle{plain}
تبدیل کنید.