با سلام
۱ - در کل TexLive خیلی خیلی بهتر از Miktex هست. به نظر من حتما از TexLive استفاده کنید. احتمالا دیگر از این مشکلات نخواهید داشت. چون Texlive کامل تمامی بسته ها را دارد.
۲- نرم افزار Texlive نسخه ۳۲ و ۶۴ یکی است.
۳ - میتوانید فقط باید بسته های مربوطه را نصب کنید. احتمالا بسته xepersian و bidi را ندارید.
۴- اگر Texlive نصب کنید تمامی این بسته ها وجود دارد.
۵ - به نظرم TexLive نصب کنید، همگی با هم نصب می شود.
۶- TexLive همه بسته ها را دارد.
نکات:
الف) حتما سعی کنید TexLive 2014 نصب کنید و نسخه های قدیمی مثل ۲۰۱۳ یا ۲۰۱۲ نباشد. در ضمن سعی کنید بسته ها را هر چند مدت یکبار بروز کنید.