من با تک‌لایو ۲۰۱۶ بروز شده مشکل دوم شما را ندارم و همه شماره پانویس‌ها در پایین صفحات ۱ و ۲ بصوت لاتین هستند.
بصورت معمول دستورات \@footnotetext، \@LTfootnotetext و \@RTLfootnotetext که متن دستورات \footnotetext، \LTRfootnotetext و \RTLfootnotetext رو در پایین صفحه حروف‌چینی می‌کنند تنها یکبار تعریف می‌شوند و فایل hyperref-xetex-bidi.def خاصیت کلیک‌شوندگی را در این دستورات یکبار فعال می‌کند (آنها را باز تعریف می‌کند).
در فایل شما دو بار دستورات \@footnotetext، \@LTfootnotetext و \@RTLfootnotetext تعریف می‌شوند. بار نخست توسط دستور \twocolumn که خاصیت کلیک‌شوندگی وجود دارد و بار بعدی توسط \normalfootnotes که خاصیت کلیک‌شوندگی قبلاً فعال شده بوده اما دستور \normalfootnotes تعریف دستورهای \@footnotetext، \@LTfootnotetext و \@RTLfootnotetext به حالت اولیه قبل از ایجاد خاصیت کلیک‌شوندگی برمی‌گردونه.
راه‌حل این است که خاصیت کلیک‌شوندگی بصورت پویا باشد. این مشکل در نسخه بعدی بسته bidi حل خواهد شد.
حل مشکل بصورت موقت
برای حل مشکل بصورت موقت دستورات
\makeatletter
\let\@@HLTR@@LTRfootnotetext\@LTRfootnotetext
\makeatother
را درست قبل از دستور \normalfootnotes و دستورات
\makeatletter
\let\HLTR@@LTRfootnotetext\@LTRfootnotetext
\let\@LTRfootnotetext\@@HLTR@@LTRfootnotetext
\makeatother
را بلافاصله بعد از دستور \normalfootnotes قرار بدهید.
