سلام
در حالت عادی باید، در فایل commands.tex، دو خط
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
را قبل از
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
بذارین.
اما چون در فایل شما بسته mathtools استفاده شده، باید بعد این هم باشه.
یعنی بعد از این بسته و قبل xepersian باید بذارین.
(البته در فایل شما، xepersian با extrafootnotefeatures فراخوانی شده. و در فایل شما هست. یعنی جزو جواب من برای رسیدن به هدف شما نیست و وجودش اجباری نیست.)
موفق‌تر باشین.
