سؤالتان خیلی کلی است. برای مدیریت مراجع این صفحه از ویکی پارسی‌لاتک را بخوانید. اگر در ادامه مشکل داشتید یک فایل کمینه بسازید و ضمیمه کنید تا دوستان کمک کنند. پیشنهاد من استفاده از BibTeX است اما می‌توانید بدون آن هم این کار را بکنید ولی احتمال اشتباه بالاتر است و برای ایجاد تغییر وقتتان بیشتر گرفته می‌شود. اگر همه مراجعتان لاتین است در این صفحه سبک موردنظرتان را پیدا کنید. اگر مرجع فارسی هم دارید ناچارید همین سبک ieeetr-fa را تغییر دهید.
در مورد حذف مراجع از بخش آخر پایان‌نامه و علامت سوال شدن شماره‌ها بعد از تغییر سبک، باید بعد از اجرای زی‌لاتک یک بار bibtex را اجرا کنید و سپس دوبار زی‌لاتک را اجرا نمایید. یعنی:
xelatex yourfile.tex
bibtex yourfile.tex
xelatex yourfile.tex
xelatex yourfile.tex
این موارد به طور کامل در ویکی توضیح داده شده است.
ویرایش: این فایل رو دانلود کنید و در کنار فایل‌های دیگر قرار دهید. حال stylename را به ieeetr-novolno-fa تغییر دهید و مراحل را تکرار نمایید. یعنی بعد از اجرای زی‌لاتک یک بار bibtex را اجرا کنید و سپس دوبار زی‌لاتک.
\bibliographystyle{ieeetr-novolno-fa}
اگر مشکلی دارد بگویید تا اصلاحش کنم.
ویرایش۲: فایل بالا را دوباره دانلود کنید و مراحل قبلی را انجام دهید. فایل bib شما باید چیزی شبیه زیر باشد:
@article{shelton1996,
title = {Antiferromagnetic spin ladders: Crossover between spin S=1/2 and S=1 chains},
author = {Shelton, D. G. and Nersesyan, A. A. and Tsvelik, A. M.},
journal = {Phys. Rev. B},
volume = {53},
pages = {8521},
year = {1996},
}
دقت کنید که اسم journal را خودتان باید به صورت مخفف (مثلاً {Phys. Rev. B}) بنویسید. اگر می‌خواهید فقط شماره صفحات به صورت اولین صفحه باشد فقط اولین شماره صفحه را وارد کنید. (مثلاً pages = {8521}). سال انتشار خودکار داخل پرانتز می‌آید و شماره ولوم به صورت بولد نوشته می‌شود. همچنین عبارات vol.، no. و pp. حذف شده‌اند.
