احتمالاً در تصاویرتان ارجاع دادهاید. با بسته notoccite به نتیجه مطلوب میرسید. کافی است این بسته را قبل از xepersian فراخوانی کنید.
\usepackage{notoccite}
\usepackage{xepersian}
و بعد ۴ بار اجرا بگیرید:
xelatex yourfile.tex
bibtex yourfile.tex
xelatex yourfile.tex
xelatex yourfile.tex
در این پرسش و پاسخ کاملتر توضیح دادهام.