۱- فایل شما متأسفانه کمینه نبود و از کلاسی استاندارد (مانند book یا report) استفاده نکردید مثلاً بنده به کلاس VThesis دسترسی ندارم و همینطور فایل شما دارای خطاست!
۲- اما پاسخ:
بدین منظور کافیست از بسته‌ی tocloft همراه با دستور باز-تعریف زیر استفاده کنید:
\renewcommand\numberline[1]{#1.\hskip0.7em}
مقدار 0.7em برای تنظیم فاصله‌ی عنوان فصل و قسمت از شماره‌ی اونها است و می‌تونید این مقدار رو به مقدار دلخواه تغییر بدید.
فایل اصلاح شده‌ی شما (در حالت نسبتاً کمینه) به صورت زیر است:
\documentclass[a4paper,12pt,openany,oneside,msc]{report}
\usepackage{tocloft}
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setdigitfont[Scale=1.1]{Yas}
\renewcommand\numberline[1]{#1.\hskip0.7em}
\begin{document}
\pagenumbering{alph}
\newpage\clearpage
\tableofcontents\newpage\cleardoublepage
\addtocontents{toc}{\textbf{عنوان}~\hfill\textbf{صفحه}\par}
\pagenumbering{arabic}
\chapter{مقدمه‌ای بر زیرگروه‌ها }
\section{گروه‌ها، زیرگروه‌ها و قضیه‌های یکریختی}
\section{عمل گروه بر مجموعه}
\chapter{مقدمه‌ای بر زیرگروه‌ها }
\section{گروه‌ها، زیرگروه‌ها و قضیه‌های یکریختی}
\section{عمل گروه بر مجموعه}
\chapter{مقدمه‌ای بر زیرگروه‌ها }
\section{گروه‌ها، زیرگروه‌ها و قضیه‌های یکریختی}
\section{عمل گروه بر مجموعه}
\end{document}
و خروجی:
