با سلام و عرض احترام
من از بسته \usepackage[hang,flushmargin]{footmisc}
استفاده کردم و مشکلم حل شد. اگر مشکلی در خروجی مشاهده میکنید لطفا به من هم اطلاع بدین تا در جریان قرار بگیرم، سپاسگزارم.
\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage[hang,flushmargin]{footmisc}
\usepackage{xepersian}
\setlength{\parindent}{1cm}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
این یک زیرنویس پارسی است
\footnote{این یک زیرنویس راست به چپ است.}
\newpage
و اینک یک زیر نویس چپ به راست
\LTRfootnote{A left to right footnote.}
\end{document}