این رفتار، رفتار پیشفرض زیپرشین نیست.
همانطور که در خروجی زیر دیده میشود، هیچ مشکلی وجود ندارد.
\documentclass{book}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\setcounter{page}{97}
\tableofcontents
\chapter{مقدمه}
\section{متنی نمونه}
\newpage
\subsection{یک متن دیگر}
\end{document}

بنابراین علت خروجی زشت شما این است که یا خودتان کدی را افزودهاید که باگ ایجاد کرده یا کلاس پارسیبوک باگ دارد.