اگر منظورتان را درست متوجه شده باشم به احتمال فراوان عدم تطابق نامی که در \label{marker} و \ref{marker} گذاشتهاید دلیل این اتفاق است. برای مثال به این شکل بنویسید:
\begin{equation}\label{eq:pythagoras}
a^{2}+b^{2}=c^{2}
\end{equation}
\chapter{اثبات رابطه \ref{eq:pythagoras}}
