سلام
فایلی به نام main.tex را که در پوشه‌ی شما وجود دارد را باز کنید و تمام محتویاتش را پاک و
به جای آن ساختار زیر را وارد کنید:
% !TeX document-id = {b967cf64-638a-45fa-8eb6-995ce7f0abd0}
% !TEX TS-program = XeLaTeX
% Commands for running this example:
% xelatex main
% bibtex8 -W -c cp1256fa main
% xindy -L persian -C utf8 -M texindy main
% xelatex main
% xelatex main
% End of Commands
% نمونه پایان‌نامه آماده شده با استفاده از کلاس IUST-Thesis، نگارش 0.6
% محمود امین‌طوسی، دانشگاه تربیت معلم سبزوار، http://profsite.sttu.ac.ir/mamintoosi/
% گروه پارسی‌لاتک http://www.parsilatex.com
% این نسخه، بر اساس نسخه 0.4 از کلاس Tabriz_Thesis آقای وحید دامن‌افشان آماده شده است. http://damanafshan.tk
%
% تغییرات:
% نسخه 0.6:
% اصلاح مشکل بسته subfig
% این فایل نسخه اصلاح شده بر اساس قوانین دانشگاه خلیج فارس بوشهر است.
%----------------------------------------------------------------------------------------------
% اگر قصد نوشتن پروژه کارشناسی را دارید، در خط زیر به جای msc، کلمه bsc و اگر قصد نوشتن پروژه دکترا
% را دارید، کلمه phd را قرار دهید. کلیه تنظیمات لازم، به طور خودکار، اعمال می‌شود.
% اگر مایلید پایان‌نامه شما دورو باشد به جای oneside در خط زیر از twoside استفاده کنید
\documentclass[oneside,openany,msc]{IUST-Thesis}
% مشخصات پایان‌نامه را در فایلهای faTitle و enTitle وارد نمایید.
% فایل commands.tex را مطالعه کنید؛ چون دستورات مربوط به فراخوانی بسته زی‌پرشین
% و دیگر بسته‌ها و ... در این فایل قرار دارد و بهتر است که با نحوه استفاده از آنها آشنا شوید.
\usepackage[titles,subfigure]{tocloft}
\input{commands}
\setlength\cftsecnumwidth{2.5em}
\setlength\cftsubsecnumwidth{3.75em}
\setlength\cftsubsubsecnumwidth{4.75em}
\begin{document}
\pagenumbering{harfi}
%\input{faTitle}
\tableofcontents
\newpage
\listoffigures \newpage
\listoftables \newpage
%\addcontentsline{toc}{chapter}{\listalgorithmname}
%\listofalgorithms \newpage
%\input{Acron}
\pagestyle{fancy}
\pagenumbering{arabic}
% اگر شما فصل اول خود را در فایلی به جز chapter1 همراه با این کلاس نوشته‌اید باید چندخط اول chapter1 را در فایل خود کپی کنید.
\include{fasle1} % فصل اول: مقدمه
%\include{fasle2}
%\include{fasle3}
%\include{fasle4}
%\include{fasle5}
%\include{Proposals}
% مراجع
%\pagestyle{empty}
%{
%\onehalfspacing
%\bibliographystyle{unsrt-fa}%{chicago-fa}%{plainnat-fa}%{acm-fa}%%%
%\bibliography{MyReferences}
%}
%\pagestyle{fancy}
%\appendix %فصلهای پس از این قسمت به عنوان ضمیمه خواهند آمد.
% اگر شما پیوست اول خود را در فایلی به جز appendix1 همراه با این کلاس نوشته‌اید باید چندخط اول appendix1 را در فایل خود کپی کنید.
%\include{appendix1} % پیوست اول: مدیریت مراجع در لاتک
%\include{appendix2}
%\baselineskip=.75cm
%\onehalfspacing
%\include{dicfa2en}
%\include{dicen2fa}
%\printindex
%\input{enTitle}
%\label{LastPage}
\end{document}
به کمک دستورات زیر از بسته‌ی tocloft این تغییرات را ایجاد کرده‌ام:
\setlength\cftsecnumwidth{2.5em}
\setlength\cftsubsecnumwidth{3.75em}
\setlength\cftsubsubsecnumwidth{4.75em}
و بسته را به دلیلی که در این پرسش و پاسخ است به همراه گزینه‌ی subfigure و به صورت زیر فراخوانی کرده‌ام:
\usepackage[titles,subfigure]{tocloft}
با نسخه‌های اولیه‌ی تک‌لایو 2018 خروجی زیر را دارد:
موفق باشید.
